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Vivendo boa fase, o Cruzeiro, em 2016, anunciou a contratação do atacante Rafinha, que estava de saída do Al-Shabab, da Arábia Saudita. O atleta assinou um vínculo depois de ser aprovado pelo departamento de futebol do clube, muito pela ótima passagem anterior no Coritiba.
Antes do Coxa, o atleta havia definido as cores do São Paulo, Portuguesa, Santo André, Grêmio, São Caetano, Goiás e Paraná. Entretanto, seu verdadeiro destaque foi mesmo na equipe paranaense, apesar de que viveu bons momentos em Belo Horizonte.
Mesmo não se tornando titular absoluto do Cruzeiro, Rafinha era uma peça importante da equipe e entrava no decorrer de praticamente todos os jogos. Fez parte da equipe que venceu o bicampeonato da Copa do Brasil em 2017 e 2018.
Saída do Cruzeiro e retorno ao Coritiba
O atacante acabou se despedindo dos cruzeirenses na metade de 2019, ou seja, no período anterior ao rebaixamento inédito do Cruzeiro. Esse é um dos motivos pelos quais ele ainda é considerado uma figura importante no clube.
E como um bom filho à casa torna, Rafinha voltou ao Coritiba depois de sua saída do Cruzeiro. Ídolo do clube, se aposentou em 2021, com 269 partidas disputadas, com 48 gols marcados. Pelo Cruzeiro, acumulou 141 jogos e 14 gols.